如何确定优先次序，需要阐明一个观点，那就是在现代集约化养殖条件下，根据猪的生理和免疫特性以及传染性疾病的发病规律，最适于免疫接种的时间段是有限的，我们暂且称之为免疫特定时间。这种限制对于子猪尤其严格，一般认为0日龄～65日龄是最为有效的免疫时间（当然也有80日龄免疫伪狂犬病疫苗的例子）；而且通常要在7日龄～45日龄之间完成所有的基础免疫，这就更加限制了免疫特定时间的范围；种猪的免疫特定时间相对比较宽松。
一个猪场通常需要接种多种疫苗，半数以上疫苗需要加强免疫1次～2次，因而导致狭小的免疫特定时间段非常拥挤，有的猪场甚至缩短免疫间隔，以安排更多的接种次数。这样的后果往往是“我们完全按照厂家说明，认真免疫了猪瘟疫苗，怎么还是有猪瘟流行？”等诸如此类的免疫失败。
因此如何合理选择疫苗和安排疫苗的免疫次序，显得非常重要。所谓免疫优先次序，是指猪场依据当地的疾病流行状况，选择哪些疫苗是必须接种的、哪些是次要的、而哪些是可以不接种的，以期合理有效地利用有限的免疫特定时间，使所接种的疫苗能发挥最大的保护效力。
动物免疫抑制问题
只有健康的猪才能针对疫苗产生最佳的特异性免疫反应。当前许多猪场都存在多种免疫抑制性因素，包括免疫抑制性病原的感染，以及饲料中的霉菌毒素等。
饲料中霉菌毒素的污染 饲料往往受到各种霉菌毒素的污染而导致免疫抑制。有研究表明，黄曲霉毒素、单端孢霉素类的烯T-2毒素和DAS、赭曲霉毒素A都会导致免疫抑制，而这种作用只要在可引起典型显微病变或者慢性病变的浓度时即可发生。
疫苗相互干扰问题
通常认为，在使用两种以上弱毒苗时，应相隔适当的时间，以免因免疫间隔太短，导致前一种疫苗影响后一种的免疫效果。病毒之间的相互干扰，可能因先接种病毒诱导产生的干扰素，抑制了后接种的病毒。如副黏病毒疫苗和冠状病毒疫苗之间的相互干扰。因此，免疫过于频繁，致使免疫间隔过短，会发生免疫效果低下，甚至免疫失败。
疫苗接种应激反应
疫苗可直接引起猪只不同程度体温升高、食欲下降、精神沉郁等应激反应。此外，注射、抓猪本身也会造成应激。这类应激无疑会损害猪的健康，如果能减少非必需的接种即可减少猪的应激反应。
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